Cygwin インストールディレクトリが C:\Cygwin のときは atlas3.9.47.tar.bz2 を，C:\Cygwin\tmp にコピーすることになる．
以下の操作は，Cygwin のコンソールを開いて行う．
cd /tmp tar -xvjof altas3.9.47.tar.bz2
【本 Web ページでの設定】
■ Intel Corei7 2600K の場合
- CPU の物理コア数: 8
- CPU のクロック周波数: 3411
- CPU のビット数（ポインタの幅）: 32
⇒ 各自，読み替えてください．
■ 「-t ... -m ...」のところは，コア数と周波数を正しく設定すること．
cd /tmp cd ATLAS3.9.47 mkdir B2 cd B2 ../configure -t 8 -m 3411 -b 32 -D c -DWALL --prefix=/usr/atlas -Ss flapack /tmp/lapack-3.3.1/SRC -Si latune 1
lapack のソースコードを /tmp/lapack-3.3.1に展開しなかった！ というときは 「-Ss flapack /tmp/lapack-3.3.1/SRC -Si latune 1」を外すこと。
※ core2 プロセッサを使っているときは， 次のように，-Fa alg -march=core2」を付けてもいいでしょう．（私が確かめた限りでは、ビルドはうまくいく）。 (-march=native はコアダンプしました）．
ATLAS バージョン 3.9.11 以下のときは， configure コマンドの引数に「--with-netlib-lapack=/tmp/lapack-3.3.1/lapack_LINUX.a 」を付けます． ■ 「-t ... -m ...」のところは，コア数と周波数を正しく設定すること．
cd /tmp cd ATLAS3.9.47 mkdir B2 cd B2 ../configure -t 8 -m 3411 -b 32 -D c -DWALL --prefix=/usr/atlas \ --with-netlib-lapack=/tmp/lapack-3.3.1/lapack_LINUX.a
- mkdir B2
mkdir B2 は，作業用のディレクトリの作成です．「B2」のところは好きな名前でよい．
- CPU のコア数: -t 8
マルチコアの CPU では，「-t ＜コア数＞」を引数に含めます． 「-t 8 」は、「コア数が 8 個」というような意味．コア数が 2 個のときは -t 2 になる． 「-t ＜コア数＞」を付けると，ATLAS のシングルスレッド版とマルチスレッド版の両方のライブラリファイルがビルドされる．
マルチコアの CPU でない場合には，「-t ＜コア数＞」を付けないで下さい． ATLAS のシングルスレッド版のライブラリファイルだけがビルドされる．
- CPU のクロック周波数: -m 3411
周波数 （MHz 単位）
- CPU のビット数（ポインタの幅）: -b 32
64 ビットの時は -b 64 になる．
- (オプション) -Si nocygwin 0:
「0」にしているので，「CYGWIN である」という意味になる．
※ 逆に CYGWINでないことを明示的に指示したいときは「-Si nocygwin 1」になる．
- （オプション）バージョン4のコンパイラを使うことを明示的に指定したいときの設定
--cc=gcc-4 -C acg gcc-4 -C ic gcc-4 -C xc gcc-4 -C dk gcc-4 -C dm gcc-4 -C if gfortran-4
使用するコンパイラを明示的に指定．
※ configure では「-D c -DPentiumCPS=3411」のような指定を行うのは、cygwin では避けた方が良い（バージョン 3.9.25 では、これが原因でエラーが出た、ということを経験しました）。
エラーメッセージが出ていたら，「rm -rf /tmp/ATLAS3.9.47/B2」を行なった後，上記に書いている「mkdir B2」まで戻ってやり直す．
make
「make」の結果，エラーメッセージが出ないことを確認しておく．
※ もし，下のように，「probably corrupted stack ...」というエラーメッセージが出たときは，レジストリの設定を行い、「make clean; make」でやり直す．
make check
「make check」 の結果，エラーメッセージが出ないことを確認しておく．
make ptcheck
「make ptcheck」 の結果，エラーメッセージが出ないことを確認しておく．
※ 「-t ＜コア数＞」を付けていなかったとき
マルチコアの CPU を使っていないときは，上記の 「../configure ・・・」において，「-t ＜コア数＞」を付けていなかったはずなので，当然， 「make ptcheck」でエラーが出ます．これは，気にする必要はありません．
make time
※ 「-m ...」を付けていなかったとき
上記の 「../configure ・・・」において，「-m ...」を付けていなかったときは， CPU の周波数を聞いてくるので入力する．
「make time」 の結果，エラーメッセージが出ないことを確認しておく．
「rm -f /usr/atlas/lib/*.so /usr/atlas/lib/*.a」は，前のバージョンのライブラリファイルを消すための操作
rm -f /usr/atlas/lib/*.so /usr/atlas/lib/*.a make install
エラーメッセージが出ていないことを確認する．
※ 「-t ＜コア数＞」を付けていなかったとき
上記の 「../configure ・・・」において，「-t ＜コア数＞」を付けていなかったときは， 「libptcblas.a が無いよ」， 「libptf77blas.a が無いよ」 という警告メッセージが出ます（下記の通り）．これらは ATLAS のマルチスレッド版ライブラリファイルが無いというだけの警告なので，無視して構いません．
※ ATLAS のマルチスレッド版ライブラリファイルがないとき（つまり，ATLAS の configure において「-t ＜コア数＞」を付けていなかったとき） は，libptcblas.a と libptf77blas.a がない
cd lib grep LIBS Make.inc make LIBS="-lpthread -lkernel32 -lm -lcygwin" dlls ptdlls cdlls cd .. make install
性能測定の例
■ 測定に用いた Octave プログラム
2000行2000列の行列の掛け算（下記）
X = rand(2000,2000); Y = rand(2000,2000); tic(); Z = X * Y; toc()
末尾の「;」は，結果を表示しないという意味。
※ 末尾の「;」をつけないと、「x=rand(2000,2000);」などの実行で、x などが表示されるのですが，表示が始まるまでかなり（数十秒以上）待たされる．
■ ハードウエアとソフトウエア
- CPU: Intel Corei7 9200 と Intel Core2 Quad Q9550 と Intel Core2 Duo E8500
- OS: Windows XP + Cygwin
- コンパイラ: GNU コンパイラ(Cygwin のパッケージのもの)
- Cygwin 上でソースコードからビルドした Octave バージョン 3.0.3
- ATLAS バージョン 3.8.3 または 3.9.12
- LAPACK バージョン 3.2
■ ソフトウエアのインストール手順
基本的には，「Windows に Octave バージョン 3 と octave-forge をインストール」の Web ページの末尾に記述した，インストール用スクリプトを使用した．
【要点】ATLAS のマルチスレッド版ライブラリファイルを使いたいときは，configure の引数を，「... --with-blas="-L/usr/atlas/lib -lptf77blas -latlas -lpthread" ...」のように書く． ATLAS のシングルスレッド版ライブラリファイルを使いたいときは， 「... --with-blas="-L/usr/atlas/lib -lf77blas -latlas" ...」のように書く．
■ 実測値の例 （CPU: Intel Corei7 9200 ）
【要点】 Octave は，ソースコードからビルド, Intel Corei7 9200, Cygwin, Windows XP, Octave バージョン 3.0.3 + ATLAS バージョン 3.9.12
(a) 行列と行列の積
(b) 分散共分散行列
(c) 分散共分散行列の固有値と固有ベクトル（主成分分析）
(d) 条件分岐プログラム（ 2ch の「データ解析ツールoctaveを語ろう」掲示板で話題になっているもの．この掲示板のプログラムを引用している）
実測値. ATLAS のマルチスレッド版ライブラリファイルの場合
■ 実測値の例 （CPU: Intel Core2 Quad Q9550 ）
【要点】 Octave は，ソースコードからビルド, Intel Core2 Quad Q9550, Cygwin, Windows XP, Octave バージョン 3.0.3 + ATLAS バージョン 3.8.3
2000×2000の行列の積．
- ATLAS シングルスレッド版ライブラリファイル: 1.77〜1.808秒
- ATLAS マルチスレッド版ライブラリファイル: 0.562〜0.609秒. およそ 3倍
実測値. ATLAS のシングルスレッド版ライブラリファイルの場合
実測値. ATLAS のマルチスレッド版ライブラリファイルの場合
■ 実測値の例 （CPU: Intel Core2 Duo E8500）
【要点】 Octave は，ソースコードからビルド, Intel Core2 Duo 8500, Cygwin, Windows XP, Octave バージョン 3.0.3 + ATLAS バージョン 3.8.3
2000×2000の行列の積．
- ATLAS シングルスレッド版ライブラリファイル: 1.562〜1.594秒
- ATLAS マルチスレッド版ライブラリファイル: 0.843〜0.859秒. およそ 1.8 倍
実測値. ATLAS のシングルスレッド版ライブラリファイルの場合
実測値. ATLAS のマルチスレッド版ライブラリファイルの場合
■ お断り
あくまでも参考値です． ここの性能値を鵜呑みにしないで下さい．
- 他のプロセスをとめるなどしていません．
- 性能値は， マシンの種類．コンパイラのバージョン，コンパイル時のオプションなどで大きく変わる値です．
ATLAS errata ファイルを読みきっていない，ATLAS の説明書を読みきっていない等の問題を自覚している．ここの性能値を鵜呑みにしないで下さい．
CBLAS のテスト
- BLAS Technical Forum の Web ページを開く
- 「Reference implementation for the C interface to the Legacy BLAS」をクリック．ダウンロードが始まる．
- ダウンロードしたソースコードを，/tmp の下に展開．/tmp/CBLAS ができる
※ 解凍ソフトの種類によっては，/tmp/CBLAS ではなくて，/tmp/cblas という名前になる場合もあるので，確認しておくこと．
- 「Reference implementation for the C interface to the Legacy BLAS」に同梱のサンプルプログラムのテスト実行
cd /tmp/CBLAS gcc -I/usr/atlas/include cblas_example1.c -L/usr/atlas/lib -lptcblas -lptf77blas -latlas -lpthread ./a.exe
cblas_example1.c を引用すると次の通り。
- cblas_dgemv() : 行列とベクトルの積
- lncy = 1, lnvy = 1 になっている
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