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Metis と SuiteSparse のインストール(Ubuntu 上)

SuiteSparse とは SuiteSparse とは,下記の機能の詰め合わせ.(本当はもっとたくさんの機能がある.詳しくは http://www.cise.ufl.edu/research/sparse/SuiteSparse/).

など

UFconfig は,SuiteSparseQR, AMD, COLAMD, CCOLAMD, CHOLMOD, KLU, BTF, LDL, CXSparse, and UMFPACK のビルドに必要.

AMD は,疎行列の並び替えの機能を持ったソフトウエア. これは,Cholesky factorization や, 不完全 LU 分解 (LU factorization) の前処理として行うもの.

ソフトウエア等の利用条件は,利用者自身で確認下さい.


前準備

OS のシステム更新

Ubuntu で OS のシステム更新を行うときは, 端末で,次のコマンドを実行.

sudo apt update
sudo apt -yV upgrade
sudo /sbin/shutdown -r now

コンパイラ類のインストール

端末で,次のコマンドを実行.

sudo apt -yV install build-essential gcc g++ dpkg-dev pkg-config
sudo apt -yV install gfortran wget make libatlas3-base libatlas-base-dev

Metis のインストール(Ubuntu 上)

  1. Metis の Web ページを開く

    http://glaros.dtc.umn.edu/gkhome/metis/metis/overview/

    利用条件で確認する.

  2. 次のように操作する.

    cd /tmp
    wget http://glaros.dtc.umn.edu/gkhome/fetch/sw/metis/metis-5.1.0.tar.gz
    tar -xvzof metis-5.1.0.tar.gz
    cd metis-5.1.0
    make config
    make
    sudo make install
    
  3. 結果の確認

    エラーメッセージが出ていないこと.

    [image]
  4. 共有オブジェクト (.so) の生成とインストール

    rm -rf hoge
    mkdir hoge
    cd hoge
    ar x ../libmetis.a
    gcc -shared -o libmetis.so *.o
    cp libmetis.so /usr/local/lib
    ldconfig
    

ld.so.confの設定

スーパーユーザで、下記を実行

  1. /etc/ld.so.confに以下の行を追加

    -------------ここから-----------
    /usr/local/lib
    --------------ここまで---------
    
    次のようになる

    [image]
  2. 「sudo /sbin/ldconfig」の実行

SuiteSparse のインストール(Ubuntu 上)

  1. SuiteSparse の Web ページを開く

    利用条件などを確認.

    http://faculty.cse.tamu.edu/davis/suitesparse.html

  2. ソースコードのダウンロード
    cd /tmp
    rm -rf SuiteSparse
    git clone https://github.com/DrTimothyAldenDavis/SuiteSparse
    

    [image]
  3. SuiteSparse のビルドとインストール

    cd /tmp
    cd SuiteSparse
    make purge
    make CFLAGS="-fPIC" F77FLAGS="-fPIC" LAPACK="-llapack -lpthread"
    
  4. 確認

    エラーメッセージが出ていないこと.

    [image]
  5. インストール

    cd /tmp
    cd SuiteSparse
    cp */Lib/*.a /usr/local/lib
    mkdir /usr/local/include/suitesparse
    cp UFconfig/UFconfig.h /usr/local/include/suitesparse
    cp */Include/*.h /usr/local/include/suitesparse
    rm -f /usr/local/include/suitesparse/cs.h
    cp CXSparse/Include/cs.h /usr/local/include/suitesparse
    
  6. 共有オブジェクト (.so) の生成とインストール

    for i in */Lib/*.a; do
      echo $i
      rm -rf hoge
      mkdir hoge
      cd hoge
      ar x ../$i
      gcc -shared -o ../`basename $i .a`.so *.o
      cd ..
    done
    cp *.so /usr/local/lib
    
    ldconfig
    

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