R システムの活用

ツール，パッケージ

• Shiny のインストール

  install.packages("shiny")

• Ubuntu で GNU PSPP のインストール, R での SPSS ファイルの読み込み

  PSPP とは SPSS 互換をうたっている GNU のフリーソフトウエア。OpenOffice.Org や Gnumeric 等との連携機能もある。

• R の CRAN Task View
• R で bioclite のインストール
• R で パッケージの更新

R の文法と主要な機能

• R の主要な関数と演算子など

  目次

  • 関数
  • パッケージ
  • データのロード
  • データ型
  • オブジェクトの一覧, データ型の取得, オブジェクトの構造の取得
  • 論理演算、比較演算、数値演算、文字列に関する演算など
  • ベクトルに関する演算子と関数
  • 行列に関する演算子と関数
  • リストに関する演算子と関数
  • データフレームに関する演算子と関数
  • 条件分岐と繰り返し
  • 検定の概要
  • グラフの概要
• R でのパッケージのインストール

  R でのパッケージのインストール手順を説明する． R には種々のパッケージがあり，パッケージのインストールにより，種々の機能を追加できる． R のパッケージについての詳細は http://cran.r-project.org/ を見てください．

• R のバッチモード
• 端末からの１行データ読み込み
• タイマー
• R でソケット通信

他の言語との連携，データベース管理システムとの連携

• R で Rcpp を使いパッケージを作成してみる (Rcpp パッケージを使用)
• Java から R の機能を呼び出し (Rserve を使用)

  Java では，データベースアクセス，Web との連携，グラフィカルユーザインタフェース． R では，グラフの描画，統計処理という分担を考えています．

• R から C の関数を呼び出し（Windows 上の Cygwin を使用）
• R から C の関数を呼び出し（Windows 上の MinGW を使用）
• sqldf パッケージのインストール

  SQLite は軽量のデータベース管理システムソフトウエア. sqldf は，手軽にSQLiteの SQL 問い合わせ機能を使うためのパッケージ．データベースファイルに保存したりなど、SQLite のフル機能はありません．

• RSQLite パッケージ

  SQlite のフル機能を使いたいならこちら．

  SQLite は軽量のデータベース管理システムソフトウエア

• RMySQL パッケージ

  私のパソコンでは，RMySQL パッケージが動かない．残念．

R でのファイル操作

• R でのファイル情報の取得と，作業ディレクトリの設定

  ファイル一覧の取得，作業ディレクトリの設定

• R でのテキストファイル読み出しと書き込み

  テキストファイルの読み出し，テキストファイルの書き込み，書式付の出力

• R で XML 文書の XPath 式処理を行なってみる (XML パッケージを使用)
• R でのエクセルファイル，バイナリファイル読み出しと書き込み
• RJSONIO パッケージ

  JSON データを扱うためのパッケージ

• 経時観測データの縦長形式と横長形式（書きかけ）

画像ファイル

• PNG ファイル読み込み (png パッケージを使用)
• JPEG ファイルの画像処理の例 (rimage パッケージを使用)

グラフの作成, Excel 連携

• R のグラフ作成
  • CSV ファイルを読み込み，データフレームに格納，
  • データフレームからのグラフの作成（散布図を例として説明），
  • グラフへの線，凡例の重ね書き，
  • グラフのファイルへの保存

  について．

• データフレームやグラフを PDF 形式や SVG 形式で保存
• データフレームを Excel の xls 形式で保存
• ggplot の例
• plot() 関数でのグラフ作成の各種パラメータ

  R でのグラフ作成では，各種パラメータを使って，グラフを細かく調整することができる．この Web ページでは， 点と折れ線の重ね合わせ，タイトル付け， x,y値の範囲，対数目盛り，xy比，グラフィックパラメータ （点の色や大きさや形，線の色やスタイルや太さ）を調整する手順を図解で示す．

• plot() 関数の種々のグラフ

  R での散布図，棒グラフ，円グラフ，度数分布ヒストグラム， Q-Q プロット，帯グラフを図解で説明する．

• R を用いた散布図の作成

  散布図内での平均と分散の図示，散布図行列，スケールの信頼性

• R を用いての3次元の散布図の作成

  3つの長さの等しいベクトルがあるとき，それらベクトルの各要素をそれぞれ x, y, z 値とみなして，3次元の散布図を作る．

• R で有向グラフ，無向グラフの描画
• R を用いた家系図の作成

木構造解析

• R で MST(Minimum Spannning Tree) を作ってみる

テキスト

• R で編集距離

幾何，空間処理

• deldir パッケージを使ってボロノイ図を作成

地図

• R で Google Earth の kml を使ってみる
• GRS 80 での緯度経度（書きかけ）

FreeBSD でインストール

• FreeBSD に R バージョン 2.11.1 をインストール

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