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berenslab/uneye を動かしてみる (Python 3.6 を使用)

謝辞:作者に感謝します https://github.comberenslab/uneye

前準備

Git のインストール

Python 3.6 のインストール,pip と setuptools の更新,Python 開発環境のインストール

Windows の場合

  1. Python 3.6 のインストール

    Python の URL: http://www.python.org/

    インストール手順の詳細は: 別ページで説明している.

    Windows では,Python 3.8 や 3.6 の共存は簡単.

  2. pip と setuptools の更新,Python 開発環境(JupyterLab, spyder)のインストール(Windows 上)

    コマンドプロンプトを管理者として実行し,次のコマンドを実行.

    Python の使用は「py -3.6」で行う.

    Windows での pip の実行では,コマンドプロンプトを管理者として実行することにする。

    [image]

    py -3.6 -m pip install -U pip setuptools
    py -3.6 -m pip install -U jupyterlab jupyter jupyter-console jupytext nteract_on_jupyter spyder
    

    隔離された Python 仮想環境を使用したいときは,次のような手順で, venv を用いて,隔離された Python 仮想環境を作る.

    • 隔離された Python 仮想環境の名前: py36
    • 使用するPython のバージョン: 3.6
    • Python 仮想環境を置くディレクトリ: C:\venv\py36

    コマンドプロンプトを管理者として実行し,次のコマンドを実行.

    Python の使用は「C:\venv\py36\Scripts\activate.bat」の後,「python」で行う.

    py -3.6 -m pip install -U pip setuptools
    py -3.6 -m venv --system-site-packages C:\venv\py36
    C:\venv\py36\Scripts\activate.bat
    python -m pip install -U pip setuptools
    python -m pip install -U jupyterlab jupyter jupyter-console jupytext nteract_on_jupyter spyder
    

Ubuntu の場合

次の手順により,システム Python とは別に,pyenv を用いて Pytnon 3.6 をインストールする.(システム Python の設定は変えたくないため).

  1. pyenv のインストール

    Ubuntu での pyenv のインストール手順の詳細説明: 別ページで説明している.

    rm -rf ~/.pyenv
    cd /tmp
    git clone https://github.com/pyenv/pyenv.git ~/.pyenv
    cd ~/.pyenv
    git pull
    echo 'export PYENV_ROOT="${HOME}/.pyenv"' >> ~/.bashrc
    echo 'if [ -d "${PYENV_ROOT}" ]; then' >> ~/.bashrc
    echo '    export PATH=${PYENV_ROOT}/bin:$PATH' >> ~/.bashrc
    echo 'fi' >> ~/.bashrc
    echo -e 'if command -v pyenv 1>/dev/null 2>&1; then\n  eval "$(pyenv init -)"\nfi' >> ~/.bashrc
    exec $SHELL -l
    source ~/.bashrc
    sudo apt -y install --no-install-recommends make build-essential libssl-dev zlib1g-dev libbz2-dev libreadline-dev libsqlite3-dev wget curl llvm libncurses5-dev xz-utils tk-dev libxml2-dev libxmlsec1-dev libffi-dev liblzma-dev
    
  2. インストールできる Python 3.6 のバージョンの確認
    pyenv rehash 
    pyenv install -l | grep 3.6
    
  3. システム Python とは別に Python 3.6 をインストール (pyenv を使用)
    pyenv install 3.6.12
    

    [image]
  4. pyenv の Python 3.6 の有効化.

    端末で,次のコマンドを実行.

    pyenv shell 3.6.12
    

    Python の切り替えは次のようなコマンドで行う.

    • pyenv shell system
    • pyenv shell 3.6.12

    デフォルトで pyenv 配下の python 3.6.12 を使いたいときは, 次のように設定する

    echo 'pyenv shell 3.6.12' >> ~/.bashrc
    exec $SHELL -l
    
  5. pip と setuptools の更新,Python 開発環境(JupyterLab, spyder)のインストール(Ubuntu 上)

    インストールするには, 端末で,次のコマンドを実行.

    python -m pip install -U pip setuptools
    python -m pip install -U jupyterlab jupyter jupyter-console jupytext nteract_on_jupyter spyder
    

    隔離された Python 仮想環境を作成したいときは,次のような手順で, venv を用いて,隔離された Python 仮想環境を作る.

    • 隔離された Python 仮想環境の名前: py36
    • 使用するPython のバージョン: 3.6
    • Python 仮想環境を置くディレクトリ: ~/py36

    端末を開き,「pyenv shell 3.6.12」を実行して,pyenv の Python 3.6 を有効化した後,次のコマンドを実行.

    python -m pip install -U pip setuptools
    python -m venv --system-site-packages ~/py36
    source ~/py36/bin/activate
    python -m pip install -U pip setuptools
    python -m pip install -U jupyterlab jupyter jupyter-console jupytext nteract_on_jupyter spyder
    

berenslab/uneye のインストール

Python 3.6 を起動するコマンドを確認しておくこと.

  1. インストールのため Python 3.6 を使うように準備
  2. berenslab/uneye のインストールディレクトリを空にしておく.

    Window の場合は次のように操作する.

    mkdir c:\pytools
    cd c:\pytools
    rmdir /s /q uneye
    

    [image]
  3. berenslab/uneye のインストール

    https://github.com/berenslab/uneye で公開のもの.

    git clone https://github.com/berenslab/uneye
    cd uneye
    python -m pip install -r requirements_wind.txt
    python setup.py build
    python setup.py install
    

使ってみる

Python 3.6 処理系の起動

Python 3.6 処理系として,Jupyter Qt Console を起動

Python プログラムを動かして,結果をビジュアルに見たい.

ここでは,Jupyter Qt Console を使っている. 他の開発環境(spyderPyCharmPyScripter など)も便利である.

Windows の場合

隔離された Python 仮想環境有効化してから起動.

C:\venv\py36\Scripts\activate.bat
jupyter qtconsole

[image]

Ubuntu の場合

pyenv shell で Python を切り替えてから起動.

pyenv shell 3.6.12
jupyter qtconsole

ここから先は,Jupyter Qt Console の画面で説明する.

動かしてみる

プログラムは,https://github.com/berenslab/uneye で公開のもの.

  • 準備
    cd C:\pytools\uneye
    
  • https://github.com/berenslab/uneye の UnEye.ipyrb を順に実行してみる.

    [image]

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