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FreeSurfer バージョン 5.0.0 のインストール (Linux 上にインストール)

FreeSurfer バージョン 5.0.0 の,Linux へのインストール手順を図解で説明する(書きかけ)

FreeSurfer の使い方.--- FreeSurfer を用いた脳の領域抽出(セグメンテーション)の例 ---」について, 別の Web ページで説明している.

FreeSurfer のダウンロードとライセンスの取得

  1. FreeSurfer Wiki の Web ページを開く

    http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki

  2. FreeSurfer download and install」をクリック

    [image]
  3. 登録したいので「Registration」をクリック

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  4. ライセンス条項を確認したいので「Follow this link to read the licensing agreement」をクリック

    [image]
  5. ライセンス条項の確認

    <要点> 商用目的では使用不可.再配布には条件が付く. 必ずライセンス条項を熟読する.安易な再配布は厳禁.

    [image]
  6. 元のページに戻り「Follow this ling to obtain a license key」をクリック

    [image]
  7. ライセンスを取得するために,フォームに記入

    [image]
  8. 記入の完了

    [image]
  9. 電子メールで FreeSurfer のライセンスが送られてくるので、確認する
  10. .license というファイルを作り,送られてきた電子メールの中のライセンス情報(3行分)を貼り付ける
  11. ダウンロード

    http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/Download

    [image]

    巨大ですので,何度も同じところからダウンロードしないように気を付けましょう

インストール

ライセンス条項の確認,ライセンスの取得を行っておくこと.

フリーソフトウエアではない.特に注意すべきことは,再配布しないこと(友達のパソコンに代理でインストールするのも NG).商用利用は慎むこと

インストールは, http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/LinuxInstallに記載の手順に従う.

■ Fedora 13 での実行例

  1. 解凍

    cd /usr/local
    tar -xvzof freesurfer-Linux-centos-stable-pub-v5.0.0-full.tar.gz
    

    [image]
  2. perl ファイルのコピー

    cd /usr/local/freesurfer/mni/lib/perl5/5.8.5
    mkdir /usr/lib/perl5/site_perl
    cp *.pm *.pod */*.pm */*.pod /usr/lib/perl5/site_perl
    tar -cvpf /tmp/a.tar
    cd /usr/lib/perl5/site_perl
    tar -xvpf /tmp/a.tar
    
  3. .bashrc の設定

    .bashrc を次のように設定する.

    export FREESURFER_HOME=/usr/local/freesurfer
    export PATH=$PATH:$FREESURFER_HOME/bin:$FREESURFER_HOME/mni/bin:$FREESURFER_HOME/fsfast/bin
    export SUBJECTS_DIR=$FREESURFER_HOME/subjects
    

    .cshrc を使っている場合は,.cshrc を次のように設定する

    setenv FREESURFER_HOME /usr/local/freesurfer
    setenv PATH $PATH:$FREESURFER_HOME/bin
    setenv SUBJECTS_DIR $FREESURFER_HOME/subjects
    

    /etc/ld.so.conf の設定も行う.