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転移学習での特徴抽出器（ImageNet で学習済みの ResNet50 による転移学習）（Windows あるいは Ubuntu 上）

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転移学習 (transfer learning): CNN の学習では，ImageNet などのデータを用いた前学習 (pretrain) ののち，別のデータを用いた学習に移るということがよく行われる．別のデータでの学習は，次のいずれかで行う．

  1. CNN を画像からの特徴抽出器として使う: CNN の最終層である全結合層を取り除く．残りは，画像からの特徴抽出器（最終層のユニットの数だけの数値を出力する．ImageNet で学習したときは 1000 個の数値である）と見ることができる．そして，CNN の最終層の代わりに，線形分類器 (linear classifier) を付け加える．線形分類器には，線形 SVM や，softmax 分類器がある．その後，データを用いて，学習を行う．画像からの特徴抽出器と言っている部分（最終層である全結合層を取り除いた残り）の結合の重みは変化させない．
  2. CNN での Fine Tuning も行う: CNN を画像からの特徴抽出器として使うことに加えて， 画像からの特徴抽出器と言っている部分（最終層である全結合層を取り除いた残り）の結合の重みを，バックプロパゲーションにより，変化させる（このことを Fine Tuning という）．Fine Tuning においては，すべての層の結合の重みを変化させることもあるし，後段の層の結合の重みのみを変化させる場合もある（過学習の防止のため）． Fine Tuning でのエポック数（学習率）は，過学習の防止のため，小さな値にすることを意識する．

上の 1, 2 のどちらで行うかの目安

前学習でのデータと類似している別データで転移学習を行うとき：過学習が起きないだけの十分な量の別データがあるときは，Fine Tuning も行い，Fine Tuning においては，すべての層の結合の重みを変化させる．十分な量の別データがないときは，CNN を画像からの特徴抽出器として使うだけにとどめて，Fine Tuning を行わないことを検討する．

前学習でのデータと類似していない別データで転移学習を行うとき： 過学習が起きないだけの十分な量の別データがあるときは，Fine Tuning も行い，Fine Tuning においては，すべての層の結合の重みを変化させるのか，あるいは，転移学習を行わないのかを検討する（転移学習を行う方がよい場合があると期待できる）．十分な量の別データがないときは，CNN を画像からの特徴抽出器として使うだけにとどめる（Fine Tuning を行わない），あるいは，線形分離器として線形 SVM を用いた上で，層を最終層から少しさかのぼってのFine Tuning を行うのがよい可能性がある．

Keras の機能として， ImageNet で学習済みのモデル（ResNet50，Inception-ResNet, DenseNet, MobileNetV2 など）がある． （Keras で利用可能なモデルは，https://keras.io/api/applications/ で説明されている．）

モデルからの最終層の除去，線形分類器 (linear classifier) の追加と別データでの学習，学習曲線の確認，Fine Tuning の実行を行う．

目次:

  1. Google Colab へのリンク
  2. 前準備
  3. 特徴抽出を行う画像データの準備
  4. ImageNet で学習済みの ResNet50 をベースモデルとして，特徴抽出器を作成

参考 Web ページ:

(1) 前準備（Google Colaboratory のノートブックを新規作成して使う場合）

自分で，Google Colaboratory のノートブックを新規作成する場合（上のリンクを使わない）のため，手順を説明する．

パソコンを使う場合は，下に「前準備（パソコンを使う場合）」で説明している．

  1. Google Colaboratory のWebページを開く

    https://colab.research.google.com

    Google Colab はオンラインの Python 開発環境． 使用するには Google アカウントが必要

  2. 「ファイル」で、「ノートブックを新規作成」を選ぶ

  3. Google アカウントでのログインが求められたときはログインする

(2) （自分のパソコンで Python を動かす場合）Python の準備

Python のインストール，pip と setuptools の更新，Python 開発環境

Python の URL: http://www.python.org/

【Python, pip の使い方】

Python, pip は，次のコマンドで起動できる．

【Python 開発環境のインストール】

TensorFlow，tensorflow_datasets，numpy，matplotlib, seaborn, scikit-learn のインストール

GraphViz のインストール

特徴抽出を行う画像データの準備

TensorFlow チュートリアルのページ: https://www.tensorflow.org/tutorials/images/transfer_learning?hl=jaに掲載の犬，猫のデータを使用．

train_dataset, validation_dataset, test_dataset を準備する． 

import os
from tensorflow.keras.preprocessing import image_dataset_from_directory
# 追加データである画像の画像サイズを IMG_SIZE に設定すること
IMG_SIZE = (160, 160)
IMG_SHAPE = IMG_SIZE + (3,)
# TensorFlow の API で処理するときのバッチサイズの設定
BATCH_SIZE = 32
# URL によりダウンロード
_URL = 'https://storage.googleapis.com/mledu-datasets/cats_and_dogs_filtered.zip'
path_to_zip = tf.keras.utils.get_file('cats_and_dogs.zip', origin=_URL, extract=True)
PATH = os.path.join(os.path.dirname(path_to_zip), 'cats_and_dogs_filtered')
train_dir = os.path.join(PATH, 'train')
validation_dir = os.path.join(PATH, 'validation')
train_dataset = image_dataset_from_directory(train_dir, shuffle=True, batch_size=BATCH_SIZE, image_size=IMG_SIZE)
validation_dataset = image_dataset_from_directory(validation_dir, shuffle=True, batch_size=BATCH_SIZE, image_size=IMG_SIZE)
val_batches = tf.data.experimental.cardinality(validation_dataset)
# validation_dataset を test_dataset とvalidation_dataset に振り分け
test_dataset = validation_dataset.take(val_batches // 5)
validation_dataset = validation_dataset.skip(val_batches // 5)
# プリフェッチの設定（読み込み高速化のため）
AUTOTUNE = tf.data.AUTOTUNE
train_dataset = train_dataset.prefetch(buffer_size=AUTOTUNE)
validation_dataset = validation_dataset.prefetch(buffer_size=AUTOTUNE)
test_dataset = test_dataset.prefetch(buffer_size=AUTOTUNE)

ImageNet で学習済みの ResNet50 をベースモデルとして，特徴抽出器を作成

参考 Web ページ: https://keras.io/ja/applications/

謝辞：ここでは、https://keras.io/ja/applications に記載のプログラムを変更して使用している

  1. ベースモデルの作成

    次の Python プログラムを実行

    Python プログラムを動かすために， pythonやpython3などのコマンドを使う． あるいは， 開発環境や Python コンソール（Jupyter Qt Console，Spyder，PyCharm，PyScripter など）も便利である． 

    from __future__ import absolute_import, division, print_function, unicode_literals
import tensorflow.compat.v2 as tf
import tensorflow_datasets as tfds
from tensorflow.keras.preprocessing import image
import numpy as np
%matplotlib inline
import matplotlib.pyplot as plt
import warnings
warnings.filterwarnings('ignore')   # Suppress Matplotlib warnings
tf.enable_v2_behavior()
from tensorflow.keras import backend as K 
K.clear_session()
from tensorflow.keras.applications.resnet50 import ResNet50
from tensorflow.keras.applications.resnet50 import preprocess_input, decode_predictions
from tensorflow.keras.models import Model
from tensorflow.keras.layers import Dense, Dropout, GlobalAveragePooling2D
# include_top=False により分類層を含まないようにする
base_model = ResNet50(weights='imagenet', input_shape=IMG_SHAPE, include_top=False)
# 学習中に結合の重みが更新されないようにする
base_model.trainable = False
base_model.summary()

  2. ベースモデルと画像データの事前確認のため，ベースモデルを用いて画像データを処理してみる

    エラーメッセージが出ないことを確認．ここの結果をあとで使うことはない． 

    image_batch, label_batch = iter(train_dataset).get_next()
feature_batch = base_model(image_batch)
print(feature_batch.shape)

  3. ベースモデルを用いて，特徴抽出器のモデルの作成 
    inputs = tf.keras.Input(IMG_SHAPE)
x = base_model(inputs, training=False)
x = GlobalAveragePooling2D()(x)
m = Model(inputs=inputs, outputs=x)
m.summary()

  4. 別データを，特徴抽出器により処理し結果を得る

    特徴抽出器による処理結果は，feature_batch_all に格納する． それは，長さ 2048 の数値ベクトル，2000個になる． 

    feature_batch_all = None
label_batch_all = None
it = iter(train_dataset)
while True:
    try:
        image_batch, label_batch = it.get_next()
    except tf.errors.OutOfRangeError:
        break
    if feature_batch_all is None:
        feature_batch_all = m(image_batch).numpy()
        label_batch_all = label_batch.numpy()
    else:
        feature_batch_all = np.vstack((feature_batch_all, m(image_batch).numpy()))
        label_batch_all = np.append(label_batch_all, label_batch.numpy())
print(feature_batch_all.shape)
print(label_batch_all.shape)

  5. データのプロット

    主成分分析（PCA）による 

    import pandas as pd
features = [str(i) for i in range(feature_batch_all.shape[1])]
df = pd.DataFrame(feature_batch_all, columns=features)
df['label'] = label_batch_all
df.shape
# 主成分分析
import sklearn
pca = sklearn.decomposition.PCA(n_components=2)
pca_result = pca.fit_transform(df[features].to_numpy())
df['pca1'] = pca_result[:,0]
df['pca2'] = pca_result[:,1] 
# プロット
%matplotlib inline
import matplotlib.pyplot as plt
import warnings
warnings.filterwarnings('ignore')   # Suppress Matplotlib warnings
import seaborn as sns
plt.style.use('default')
plt.figure(figsize=(10,10))
# 2クラスなので，パレット数は2
sns.scatterplot(
    x="pca1", y="pca2",
    hue="label",
    palette=sns.color_palette("hls", 2),
    data=df,
    legend="full",
    alpha=0.4
)

  6. データのプロット

    6次元に次元削減ののち，SOM を作り，SOM をプロット．前準備として「pip install minisom」を実行しておくこと． 

    import pandas as pd
features = [str(i) for i in range(feature_batch_all.shape[1])]
df = pd.DataFrame(feature_batch_all, columns=features)
df['label'] = label_batch_all
df.shape
# まず，主成分分析により，次元削減する．結果は X へ．
import sklearn
DIM = 6
pca = sklearn.decomposition.PCA(n_components=DIM)
pca_result = pca.fit_transform(df[features].values)
df['pca1'] = pca_result[:,0]
df['pca2'] = pca_result[:,1] 
df['pca3'] = pca_result[:,2] 
df['pca4'] = pca_result[:,3] 
df['pca5'] = pca_result[:,4] 
df['pca6'] = pca_result[:,5] 
X = df[['pca1', 'pca2', 'pca3', 'pca4', 'pca5', 'pca6']].to_numpy()
# see https://github.com/JustGlowing/minisom/blob/master/examples/BasicUsage.ipynb
# マーカーと色は２種類を設定（２クラスなので），label_batch_all に入っっている 0, 1 の値に応じて選択．
markers = ['o', 's']
colors = ['C0', 'C1']
from minisom import MiniSom    
som = MiniSom(20, 20, DIM, sigma=0.3, learning_rate=0.5) # initialization of 20x20 SOM
som.train(X, 100000) # trains the SOM with 50000 iterations
plt.figure(figsize=(10, 10))
plt.pcolor(som.distance_map().T, cmap='bone_r')
plt.colorbar()
for cnt, xx in enumerate(X):
    w = som.winner(xx)
    print(w, cnt, xx)
    plt.plot(w[0]+.5, w[1]+.5, markers[label_batch_all[cnt]], markersize=12, markeredgewidth=2, markerfacecolor='None', markeredgecolor=colors[label_batch_all[cnt]])
plt.show()

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